在机器学习中，术语Ensemble指的是并行组合多个模型，这个想法是利用群体的智慧，在给出的最终答案上形成更好的共识。
这种类型的方法已经在监督学习领域得到了广泛的研究和应用，特别是在分类问题上，像RandomForest这样非常成功的算法。通常应用一些投票/加权系统，将每个单独模型的输出组合成最终的、更健壮的和一致的输出。
在无监督学习领域，这项任务变得更加困难。首先，因为它包含了该领域本身的挑战，我们对数据没有先验知识，无法将自己与任何目标进行比较。其次，因为找到一种合适的方法来结合所有模型的信息仍然是一个问题，而且对于如何做到这一点还没有达成共识。
在本文中，我们讨论关于这个主题的最佳方法，即相似性矩阵的聚类。
该方法的主要思想是：给定一个数据集X，创建一个矩阵S，使得Si表示xi和xj之间的相似性。该矩阵是基于几个不同模型的聚类结果构建的。
二元共现矩阵
建模型的第一步是创建输入之间的二元共现矩阵。
它用于指示两个输入i和j是否属于同一个簇。
import numpy as np
from scipy import sparse
def build_binary_matrix( clabels ):
data_len = len(clabels)
matrix=np.zeros((data_len,data_len))
for i in range(data_len):
matrix[i,:] = clabels == clabels[i]
return matrix
labels = np.array( [1,1,1,2,3,3,2,4] )
build_binary_matrix(labels)用KMeans构造相似矩阵
我们已经构造了一个函数来二值化我们的聚类，下面可以进入构造相似矩阵的阶段。
我们这里介绍一个最常见的方法，只包括计算M个不同模型生成的M个共现矩阵之间的平均值。定义为:
这样，落在同一簇中的条目的相似度值将接近于1，而落在不同组中的条目的相似度值将接近于0。
我们将基于K-Means模型创建的标签构建一个相似矩阵。使用MNIST数据集进行。为了简单和高效，我们将只使用10000张经过PCA降维的图像。
from sklearn.datasets import fetch_openml
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans, KMeans
from sklearn.model_selection import train_test_split
mnist = fetch_openml('mnist_784')
X = mnist.data
y = mnist.target
X, _, y, _ = train_test_split(X,y, train_size=10000, stratify=y, random_state=42 )
pca = PCA(n_components=0.99)
X_pca = pca.fit_transform(X)为了使模型之间存在多样性，每个模型都使用随机数量的簇实例化。
NUM_MODELS = 500
MIN_N_CLUSTERS = 2
MAX_N_CLUSTERS = 300
np.random.seed(214)
model_sizes = np.random.randint(MIN_N_CLUSTERS, MAX_N_CLUSTERS+1, size=NUM_MODELS)
clt_models = [KMeans(n_clusters=i, n_init=4, random_state=214)
for i in model_sizes]
for i, model in enumerate(clt_models):
print( f"Fitting - {i+1}/{NUM_MODELS}" )
model.fit(X_pca)下面的函数就是创建相似矩阵
def build_similarity_matrix( models_labels ):
n_runs, n_data = models_labels.shape[0], models_labels.shape[1]
sim_matrix = np.zeros( (n_data, n_data) )
for i in range(n_runs):
sim_matrix += build_binary_matrix( models_labels[i,:] )
sim_matrix = sim_matrix/n_runs
return sim_matrix调用这个函数：
models_labels = np.array([ model.labels_ for model in clt_models ])
sim_matrix = build_similarity_matrix(models_labels)最终结果如下:
来自相似矩阵的信息在最后一步之前仍然可以进行后处理，例如应用对数、多项式等变换。
在我们的情况下，我们将不做任何更改。
Pos_sim_matrix = sim_matrix对相似矩阵进行聚类
相似矩阵是一种表示所有聚类模型协作所建立的知识的方法。
通过它，我们可以直观地看到哪些条目更有可能属于同一个簇，哪些不属于。但是这些信息仍然需要转化为实际的簇。
这是通过使用可以接收相似矩阵作为参数的聚类算法来完成的。这里我们使用SpectralClustering。
from sklearn.cluster import SpectralClustering
spec_clt = SpectralClustering(n_clusters=10, affinity='precomputed',
n_init=5, random_state=214)
final_labels = spec_clt.fit_predict(pos_sim_matrix)与标准KMeans模型的比较
我们来与KMeans进行性对比，这样可以确认我们的方法是否有效。
我们将使用NMI, ARI，集群纯度和类纯度指标来评估标准KMeans模型与我们集成模型进行对比。此外我们还将绘制权变矩阵，以可视化哪些类属于每个簇。
from seaborn import heatmap
import matplotlib.pyplot as plt
def data_contingency_matrix(true_labels, pred_labels):
fig, (ax) = plt.subplots(1, 1, figsize=(8,8))
n_clusters = len(np.unique(pred_labels))
n_classes = len(np.unique(true_labels))
label_names = np.unique(true_labels)
label_names.sort()
contingency_matrix = np.zeros( (n_classes, n_clusters) )
for i, true_label in enumerate(label_names):
for j in range(n_clusters):
contingency_matrix[i, j] = np.sum(np.logical_and(pred_labels==j, true_labels==true_label))
heatmap(contingency_matrix.astype(int), ax=ax,
annot=True, annot_kws={"fontsize":14}, fmt='d')
ax.set_xlabel("Clusters", fontsize=18)
ax.set_xticks( [i+0.5 for i in range(n_clusters)] )
ax.set_xticklabels([i for i in range(n_clusters)], fontsize=14)
ax.set_ylabel("Original classes", fontsize=18)
ax.set_yticks( [i+0.5 for i in range(n_classes)] )
ax.set_yticklabels(label_names, fontsize=14, va="center")
ax.set_title("Contingency Matrix\n", ha='center', fontsize=20)from sklearn.metrics import normalized_mutual_info_score, adjusted_rand_score
def purity( true_labels, pred_labels ):
n_clusters = len(np.unique(pred_labels))
n_classes = len(np.unique(true_labels))
label_names = np.unique(true_labels)
purity_vector = np.zeros( (n_classes) )
contingency_matrix = np.zeros( (n_classes, n_clusters) )
for i, true_label in enumerate(label_names):
for j in range(n_clusters):
contingency_matrix[i, j] = np.sum(np.logical_and(pred_labels==j, true_labels==true_label))
purity_vector = np.max(contingency_matrix, axis=1)/np.sum(contingency_matrix, axis=1)
print( f"Mean Class Purity - {np.mean(purity_vector):.2f}" )
for i, true_label in enumerate(label_names):
print( f" {true_label} - {purity_vector[i]:.2f}" )
cluster_purity_vector = np.zeros( (n_clusters) )
cluster_purity_vector = np.max(contingency_matrix, axis=0)/np.sum(contingency_matrix, axis=0)
print( f"Mean Cluster Purity - {np.mean(cluster_purity_vector):.2f}" )
for i in range(n_clusters):
print( f" {i} - {cluster_purity_vector[i]:.2f}" )
kmeans_model = KMeans(10, n_init=50, random_state=214)
km_labels = kmeans_model.fit_predict(X_pca)
data_contingency_matrix(y, km_labels)
print( "Single KMeans NMI - ", normalized_mutual_info_score(y, km_labels) )
print( "Single KMeans ARI - ", adjusted_rand_score(y, km_labels) )
purity(y, km_labels) data_contingency_matrix(y, final_labels)
print( "Ensamble NMI - ", normalized_mutual_info_score(y, final_labels) )
print( "Ensamble ARI - ", adjusted_rand_score(y, final_labels) )
purity(y, final_labels)从上面的值可以看出，Ensemble方法确实能够提高聚类的质量。我们还可以在权变矩阵中看到更一致的行为，具有更好的分布类和更少的“噪声”。